2009
Joulukuussa 2007 Eurooppa-neuvosto kehotti puheenjohtajakautensa päätelmissä Euroopan komissiota esittämään Itämeren aluetta koskeva EU:n strategia viimeistään kesäkuussa 2009. Ennen tätä Euroopan parlamentti oli vaatinut Itämeren kiireellisiin ympäristöhaasteisiin puuttuvan strategian perustamista. Kesäkuussa 2009 komissio esitti tiedonannon Itämeren aluetta koskevasta EU:n strategiasta (EUSBSR) sekä yksityiskohtaisen toimintasuunnitelman, joka laadittiin jäsenvaltioiden ja sidosryhmien kuulemisen jälkeen. Eurooppa-neuvosto hyväksyi EU:n ensimmäisen makroaluestrategian lokakuussa 2009.Alkuperäinen jokseekin kokeellinen toimintasuunnitelma asetti neljä pääasiallista tavoitetta strategialle: kestävän luonnonympäriston luominen, alueen hyvinvoinnin parantaminen, alueen saavutettavuuden ja houkuttelevuuden lisääminen, ja alueen turvallisuuden varmistaminen. Tavoitteet jaoteltiin tarkemmin 15 painopistealueeseen ja useaan horisontaaliseen toimeen, ja ne määrättiin toteutettavaksi mm. lippulaivahankkeiden avulla. Toimintasuunnitelman mukaan strategia toteutettaisiin jo olemassa olevien instituutioiden avulla, eikä uusia instituutioita perustettaisi. Toimintasuunnitelma korosti myös Euroopan Komission avainasemaa EU:n Itämeri-strategiassa.
2013
Parin vuoden kokemuksen jälkeen, Euroopan komissio antoi maaliskuussa 2012 tiedonannon, jossa määriteltiin Itämeri-strategian kolme päätavoitetta: Meren pelastaminen, Alueen yhdistäminen ja Hyvinvoinnin kasvattaminen. Lisäksi kullekin päätavoitteelle ehdotettiin mitattavia indikaattoreita ja tavoitteita, seurannan, arvioinnin, viestinnän ja tulosten saavuttamisen mahdollistamiseksi.Vuonna 2013 Itämeri-strategian toimintasuunnitelma päivitettiin käsittämään Eurooppa 2020 -strategiaa edistäviä tavoitteita ja indikaattoreita, ja sisältämään keskeisten toimijoiden tehtävien ja vastuiden määritelmät, sekä näihin määritelmiin perustuvan hallinnointijärjestelmän. Strategian kohdentamisen parantamiseksi toimet jaettiin 17 painopistealueiseen ja 5 horisontaaliseen toimeen.
2015
Laajan jäsenmaiden kuulemisen jälkeen, Itämeri-strategian toimintasuunnitelma päivitettiin vuonna 2015. Päivityksen myötä strategiasta tuli virtaviivaisempi ja tehokkaammin kohdennettu strategian kolmeen päätavoitteeseen. Päivityksen yhteydessä entiset painopistealat muuttuivat politiikka-aloiksi ja ne vähenivät määrältään kolmeentoista. Horisontaaliset toimet vähenivät myös viidestä neljään. Kullekin politiikka-alalle ja horisontaaliselle toimelle määritettiin omat tarkentavat toimensa, jotka olivat yhdenmukaisia EU-politiikan ja Eurooppa 2020 -strategian kanssa. Toimia oli yhteensä 73. Näiden lisäksi toimintasuunnitelma korosti alueellisten organisaatioiden ja verkostojen roolia Itämeri-strategian toteutuksessa.Maaliskuussa 2017 toimintasuunnitelma päivitettiin teknisillä korjauksilla, uudistetulla liikennepolitiikan luvulla ja uudella koulutuspolitiikan toimella. Lisäksi hallinnointia koskevaan lukuun lisättiin temaattisten koordinaattoreiden vaihtoa koskeva osio.
2021
Tällä hetkellä voimassa oleva Itämeri-strategian toimintasuunnitelma päivitettiin 2021. Päivityksen tavoitteena oli toistamiseen strategian tehokkaampi kohdentaminen, sekä maailmanlaajuisesti kasvavien haasteiden parempi huomioon ottaminen. Päivitety toimintasuunnitelma virtaviivaisti politiikka-aloja ja asetti ne strategiseen kontekstiin, sekä arvioi niiden myötävaikutusta YK:n kestävän kehityksen tavoitteiden toteutukseen. Lisäksi toimintasuunnitelma yhdistää strategian EU:n poliittisiin prioriteetteihin ja rahoitusohjelmiin.Päivityksen myötä toimintasuunnitelman 13 politiikka-alaa ja 4 horisontaalista toimea kiteytettiin 14 politiikka-alaan, jotka yhteensä kattavat 44 toimea aiempien 73 sijaan. Horisontaalisten toimien aiemmin toteuttamat ilmastotoimet ja yhteistyö alueen EU:n naapurimaiden kanssa ovat päivitetyssä toimintasuunnitelmassa sisällytetty jokaiseen politiikka-alaan. Toimintasuunnitelman päivityksen myötä perustettiin lisäksi uusi keskeinen strategiaa toteuttava toimija, Itämeren strategiapiste, jonka tehtävänä on mm. tukea Itämeri-strategian hallintoa, kehitystä ja viestintää.