Centrum Balticum -säätiö on perustettu vuonna 2007. Perustajina olivat viisi lounaisrannikon kaupunkia (Turku, Pori, Uusikaupunki, Rauma ja Vaasa), kolmen turkulaisen yliopiston tukisäätiöt sekä Varsinais-Suomen liitto.
Säätiön asioissa ylintä päätäntävaltaa käyttää hallitus. Hallituksen jäsenet valitaan kahdeksi vuodeksi kerrallaan.
Hallituksen puheenjohtaja, pormestari Minna Arve, Turun kaupunki
Varapuheenjohtaja, vararehtori Piia Björn, Turun yliopisto
Muut jäsenet:
Markus Granlund, dekaani, Turun kauppakorkeakoulu
Marko Joas, vararehtori, Åbo Akademi
Kari Häkämies, maakuntajohtaja, Varsinais-Suomen liitto
Lauri Inna, kaupunginjohtaja, Porin kaupunki
Ville Niinistö, MEP, Euroopan parlamentti
Petri Vuorio, EU- ja kauppapolitiikan johtaja, Elinkeinoelämän keskusliitto EK