EU:s Östersjöstrategi är ett ramverk, inom vilket verkställandet av strategin koordineras. Dessutom erbjuds även strategisk hjälp och handledning för Östersjöregionens aktörer. En av de grundläggande principerna för EU:s Östersjöstrategi är att inga nya strukturer eller fonder ska grundas för strategin. Verkställandet av Östersjöstrategin måste därför finansieras med stöd av något befintligt finansieringsprogram, eftersom strategin saknar egna finansieringsmöjligheter.
Det finns många finansieringsprogram och finansieringsmekanismer som lämpar sig för genomförandet av EU:s Östersjöstrategi. Under den nuvarande finansieringsprogramperioden 2014–2020 kan finansiering sökas för multinationella samarbetsprojekt med stöd av de flesta EU-programmen. Oftast finansieras projekt som verkställer Östersjöstrategin via två av de program som främjar EU:s strukturfonders målsättningar för Europeiskt territoriellt samarbete (ETS), dvs. Interreg Östersjön och Interreg Central Baltic.
Läs mera om de olika finansieringsmekanismerna på finska här.