Itämeri.fi-portaalin eri osioissa voi tutustua esimerkiksi Itämeren luontoon, merentutkimuksen eri osa-alueisiin sekä Itämeren yhteiskunnallisiin kytköksiin. Sivustossa on panostettu visuaalisuuteen ja käytettävyyteen, sillä se on tarkoitettu kaikille merestä kiinnostuneille. Sivusto tarjoaa ajankohtaista ja monialaista tietoa myös meriasioiden parissa toimiville eri ammattiryhmille.

Portaalin yhtenä osana ovat datapalvelut Meriaineistot.fi ja Merihavainnot.fi, joiden kautta tietoa pystyy hakemaan ja lataamaan eri laitosten tietokannoista ja katselemaan kartalla. Opi ja tutki -kokonaisuus taas tarjoaa tietoa ja materiaaleja merellisen ympäristökasvatuksen tueksi. Itämeri nyt -osio sisältää reaaliaikaista tietoa esimerkiksi meriveden korkeudesta, sinilevätilanteesta ja laivaliikenteestä. Sivustoon kuuluu myös kuvapankki, jonka valokuvat ovat vapaasti käytettävissä ei-kaupallisiin tarkoituksiin. Lisäksi Itämeri.fi-sivusto sisältää reaaliaikaista meritietoa tarjoavan merellä liikkujan kartan Meriopas.fi, joka on optimoitu mobiilikäyttöön muun muassa veneilijöiden ja retkeilijöiden hyödynnettäväksi.